鴕鳥種蛋的孵化率是一項綜合性指標，影響它的因素很多，但最主要是鴕鳥種蛋的質量和孵化期的管理。抓好以下幾點，孵化率就會大大提高。

(一)拾蛋 種蛋產出后要及時拾起。不能讓太陽長時間曝曬，因高溫會增加胚胎內溫度，并會使胚胎致死。冬季時也不能讓種蛋受凍，收取種蛋不能用手拿，要用消毒好的毛巾包起來，馬上送到孵化室。

(二)消毒 種蛋的消毒比較常用的方法有兩種：一是洗蛋，洗蛋前必須把種蛋表面的泥土或污垢輕輕刷掉，然后用比例為1∶600的百毒殺溶液淋洗或噴灑。洗凈之后即在空氣中自然干燥，切記不能用濕布擦;二是熏蒸，熏蒸時一定要控制好用藥劑量和時間，一般每立方米用40%的福爾馬林15毫升和7.5克的高錳酸鉀，熏蒸時間一般不超過17分鐘。

(三)貯蛋 種蛋消毒后馬上放入貯蛋室，種蛋的貯存一般不超過7天。種蛋貯存時應把蛋的氣室朝上。貯蛋室的溫度應控制在13～16℃之間，最好不超過17℃，濕度控制在45%左右，不超過60%。貯蛋室空氣要流通，蛋在貯存時間不要隨意翻動。

(四)溫度 孵化溫度是孵化能否成功的決定因素，如高溫低濕孵化，會使蛋內膜干燥，把胚胎包緊，腸胎發育較弱，成活率低;同樣，低溫孵化則會延長孵化時間和造成出雛前卵黃不吸收、水腫鳥等，出殼率也低，所以孵化溫度不得低于36℃。具體情況要根據不同季節、不同孵化期和南北地區溫度差異來掌握。

(五)濕度 孵化的濕度也是影響孵化率的重要因素。孵化濕度過大，容易造成水腫鳥;孵化濕度過小，則會使胚胎失重過大，造成胚胎弱小而死亡。孵化的濕度一般以種蛋孵化的失水率來決定，一般種蛋孵化的最適濕度一般為22%，若濕度太多則要對孵化室內空氣進行除濕處理。

(六)換氣和翻蛋 換氣和翻蛋也是影響種蛋孵化率的的因素之一。胚胎發育要呼吸，從空氣中吸入氧氣，呼出二氧化碳，缺氧則會導致胚胎死亡和弱雛增加。目前使用的進口和國產孵化機均可保證空氣的交換，不致造成缺氧，但必須保證進入孵化機內的空氣是新鮮的。另外，為了保證種蛋受熱均勻和防止殼膜粘連，可以設定孵化機2小時翻轉1次(90度角)，或每小時翻轉1次也可。

(七)孵化設備 我國引進鴕鳥以來，一直使用進口的孵化設備，從孵化效果看，國產機器可以與進口機器媲美，但由于國產的孵化設備因無除濕系統，故必須對孵化室內的空氣進行除濕處理。

除以上幾點外，孵化室工作人員必須嚴格遵守環境衛生消毒制度。工作人員進入孵化室必須淋浴、更衣、換鞋和踩消毒水、非工作人員不得進入孵化室。只有這樣，才能更好、更有效地提高種蛋的孵化率。