近年來，隨著科學技術的迅猛發展和新興生物工程的開發，已經有越來越多的微生物，在農業、采礦、冶金、能源、輕工和環保等眾多領域，得到了廣泛的應用，使以往被人們所深惡痛絕的細菌化害為利。

日本農林水產省北陸農業試驗場的技術人員，從細菌中篩選出一種能除草的菌種，這種細菌以孢子的方式附在雜草上，并迅速繁殖，導致雜草枯萎死亡。這種除草菌還能感染雜草的地下莖，使其不能再抽芽生長。經實際使用證實，用細菌除草比使用化學除草劑安全、方便、成本低，而且不會造成環境污染。美國奧克蘭的遺傳科學公司的研究人員，采用遺傳工程方法，在實驗室里使自然界里的一種細菌變性后獲得一種防凍的細菌。這種細菌能防止霜凍對水果和塊莖作物的凍害。他們在室外0.4公頃草莓田里，進行作物防凍細菌噴灑試驗，結果表明，這種細菌可使作物在溫度降至零下1攝氏度時不受凍害，而且對環境無不利影響。

然而，使人們感到更為有趣的是，加拿大科學家前不久研究出一種利用微生物開采黃金的技術。他們用一種稱為氧化鐵硫桿菌的微生物，來處理含金的硫黃巖石。這種氧化鐵硫桿菌以硫作為能源，來破壞含硫巖石的結構。采用此法冶煉黃金，幾乎能將礦石中的黃金百分之百地提取出來。澳大利亞科研人員，在昆士蘭州的油井試驗微生物增強采油法，也卓有成效。這種采油法，主要用來采集深匿在油井的巖石毛細縫中的石油。據統計，深匿在巖石縫中的石油，在全世界油井含量中的比例高達2/3。為了把這部分寶貴的能源開發出來，他們利用油井中天然存在的細菌，來破壞巖隙石油的表面張力，從而使石油順利地流出來。這在一定的意義上來講，細菌也為解決全球面臨的石化能源的日益枯竭做出了貢獻。

澳大利亞研究人員為便于開采地下煤田，防止瓦斯爆炸，利用細菌來減少甲烷氣體的發生已獲成功。科學家在地下煤井的墻壁上，移植大量的細菌，這種細菌以甲烷氣體作為唯一的養料而生存，這樣，只要煤井表面保持潮濕，便能減少瓦斯的含量，從而提高了礦井的安全性。

近年來，各國科技人員在微生物利用方面的研究，相繼取得了突破，結出了累累碩果。美國科學家發現了一種能消化各類纖維素的嗜熱細菌，如果讓它們消化廢紙，便可生產出葡萄糖。試驗表明，每100公斤廢紙，就可以生產50公斤糖。美國已建成一座大型制糖廠，用這種細菌每月能將100噸廢紙加工為糖。

在解決環境污染問題方面，微生物也同樣能發揮其積極作用。德國科學家研究出一種用細菌凈化污水的方法，并在慕尼黑附近新建了一座污水凈化廠。這種細菌可不停地吞食碳化物和蛋白質，能清除污水中99%的有害物質，為使“嘴饞”的細菌吞食時不致于喘不過氣來，他們用巨大的壓縮機不斷地把氧氣吹入水池內，每秒鐘可凈化5000升污水。美國科研人員培養出一種吞食煤中所含硫的細菌，從而為治理環境污染提供了條件。美國能源部認為，利用這種細菌除硫，經濟可行，每噸煤僅花費12美元，而采用化學除硫每噸煤則需要費用50美元。

此外，微生物在日用品生產方面，也大有廣闊的用武之地。日本九州大學農學部，用生物紙漿技術制出了優質新聞紙。該生物紙漿采用一種白色腐植菌，來分解木材中的木質素，省去了傳統造紙工藝中的機械粉碎和化學處理過程。因此，可節約能源費用2/3。過去每生產一噸紙漿需耗電2000度，采用生物制漿法卻只用700度電就足夠了。用這種生物方法所制造的新聞紙，其抗拉強度也比一般新聞紙提高了兩倍。日本科學家最近研制出一種用微生物產生電能的電池。其原理是，將兩種細菌放入電池的特制糖漿中，由其中的一種細菌吞食糖漿產生醋酸和有機酸;而由另一種細菌使這些酸類產生氫氣，這些氫氣與電池中的物質發生化學反應，從而產生電能。