在美國，由大面積推廣基因工程作物而導致的轉基因污染已是不爭的事實。從種植到成品，幾乎每一個環節都有可能發生污染。在田間發生雜交是原始的污染，第二次污染則發生在沒有清理干凈的倉庫和運輸環節，致使傳統作物的種子混雜有基因工程作物的種子。污染已達到這樣的程度，使最挑剔的歐盟和日本糧食進口商也只好無奈地規定:進口北美傳統作物的種子，其中轉基因污染不超過0·1%就算合格。他們似乎已無可指望能得到絕對純凈的傳統作物種子了。人類對后果知之甚少

　　基因工程作物中的轉基因能通過花粉(風揚或蟲媒)所進行的有性生殖過程擴散到其他同類作物上，這已成為事實。這是一種遺傳學上稱為"基因漂散"的過程。而這種人工組合的基因，通過轉基因作物或家養動物擴散到其他栽培作物或自然界野生物種，并成為后者基因的一部分，在環境生物學上則稱為"基因污染"。這是具有深遠意義的環保新概念。

　　基因工程作物和動物的安全性問題，可從兩方面進行評價:對人體的安全性和對環境的安全性。對這兩方面至今仍有較大爭議。本文僅涉及基因工程作物向自然界釋放可能產生的生態危險性問題。

　　基因工程作物中的轉基因可以擴散到傳統作物上，其危害表現在影響已形成的農業生態系統。盡管目前還難以預測傳統作物被基因污染后會發生什么樣的后果，但這種污染無疑是有害的。傳統作物包括數量龐大的品種，在它們的染色體上，都儲存有人類所需的各式各樣性狀的基因，是人類通過幾千年培育和選擇保留下來的，是一個巨大的資源。

　　同樣天然物種的基因也不容污染，這一點也是沒有爭議的，爭議在于會不會發生這種污染。由于幾乎所有的農作物在其分布區都存在有性繁殖相容性(可交配)的野生種和近緣種，因此從理論上講，在它們之間發生基因漂散是可能的。

　　事實上，近年來國外已有研究報道，基因工程玉米的抗除草劑基因已漂散到附近地區野生的類蜀黍植物上;基因工程油菜的抗除草劑基因也漂散到附近地區野生的蕪箐植物上。野生植物污染了某些抗性基因，其后果已經造成所謂的"超級雜草"的出現。

　　有一些基因工程生物尤其危險，如轉基因魚類和一些轉基因無脊椎動物，還有轉基因森林和轉基因藻類，它們都具有極強的繁殖力，或向外界釋放大量的生殖配子。在模型系統的研究中，美國學者已證明，基因工程魚的轉基因能擴散到野生同類的種群中。所以在國外，基因工程魚只能在絕對封閉的溫室環境中養殖。毒蛋白也毒殺益蟲