雙螺旋:寂靜的登場

1950~1960年間發表在《自然》上的、關于DNA和雙螺旋的論文數量
回首往事,過去的發現常常被夸大——尤其是在50年慶典上——雙螺旋也不例外。歷史檔案顯示,1953年科學界對這種(雙螺旋)結構的提議的反響悄無聲息。事實上,只有在DNA涉及蛋白質合成的機制輪廓初現的時候,生化學界才開始真正對這一結構感興趣。
“我們可以期待遺傳化學及時成為整合細胞生物學的核心。”——Robert Sinsheimer,在加州理工學院發出的一封信,1956年
回想1953年就是訪問——對于我們中間的一些人是重游——另外一個世界,當時《自然》雜志還沒有使用DNA作為脫氧核糖核酸的縮寫。那年6月,英國女王伊麗莎白二世在盛況與慶典中加冕。3月,英國科學家準備在考爾德(Calder)河邊建立一座核電站。兩個月后,人們登上了珠穆朗瑪峰。在倫敦大學,我的生化教師熱衷于弗雷德里克·桑格(Frederick Sanger)首次成功地對一種蛋白質——胰島素——的組成單位進行了測序。但是脫氧核糖核酸(DNA)甚至沒有被提及。盡管1953年《自然》雜志發表了7篇關于DNA結構和功能的論文,只有一家英國全國報紙——《新聞紀事》(News Chronicle)——提到了雙螺旋。
接納雙螺旋
50年之后很難想象當初科學界對雙螺旋的接納是如此的冷淡。但是翻開20世紀50年代的《自然》和《科學》我們能發現什么呢?圖1記錄了《自然》雜志在50年代報告關于DNA任何性質的論文數量,以及這些論文中提到了沃森—克里克模型或者引用了任何1953年關于DNA結構的論文的數量。(50年代的)10年中《自然》的頁數增加了,1960年每年出版的卷數翻了一番。這種增加伴隨著關于DNA性質的論文數量的增加,但是提及雙螺旋的論文數量沒有增加?!犊茖W》雜志的情形也是類似的。
1950~1960年間發表在《自然》上的、關于DNA和雙螺旋的論文數量
當DNA結構被發現的時候,已經有了相當可觀的DNA研究計劃。這些研究包括DNA的物理屬性、提取的方法以及同一生命體中的所有細胞的DNA含量和組成是否相同。這些研究也討論了紫外線和電離輻射對DNA的損害作用,以及在核酸參與蛋白質合成上的不同觀點。
那個時候研究DNA的研究人員主要是生物化學家和物理化學家,他們的研究地點和基金主要與醫學相關。他們的興趣和資金與當時人們關心的兩個主要問題有關:誘變劑(導致DNA突變的物質)的機能——對于國際上關于電離輻射和放射性物質的辯論很重要的領域——以及蛋白質合成的本質。除了癌癥研究之外,由于蛋白質的合成在生長和營養方面的重要性,生化學家對此有濃厚的興趣。
考慮到科學界對于雙螺旋結構寂靜的接納,讓我們換一個不同的角度,問一問20世紀50年代把DNA的雙螺旋結構不僅僅作為短暫的注意的理由是什么。那時候,由于DNA與蛋白質有關,大多數讀到《自然》雜志的科學家認為DNA是一種“締合蛋白”;它與蛋白質同樣重要,但是它的重要性被誤解了。盡管Oswald Avery, Colin MacLeod和Maclyn McCarty于1944年做出了重要的工作,以及其后Al Hershey和Martha Chase于1952年的實驗驗證。他們證明噬菌體進入細菌的大部分物質是核酸而不是蛋白質。這個實驗讓DNA看上去更像遺傳物質。
連接結構和功能
科學界需要更多的證據才能信服。證明DNA的遺傳中扮演的角色的化學證據是什么?一個答案來自沃森和克里克提出的結構。沃森和克里克描述了堿基的配對——腺嘌呤和胸腺嘧啶形成氫鍵,鳥嘌呤和胞嘧啶形成氫鍵。他們寫道:這種配對“直接表明了一種可能的遺傳物質復制機制”。對這個問題的擴展討論的論文出現在了一個月之后在《自然》雜志上,他們寫到DNA:“然而直到現在,沒有證據表明DNA如何進行作為遺傳物質所必需的活動,即精確的自我復制。”
根據這些話,沃森和克里克認為他們最早提出了DNA的復制機制,但是他們承認他們的理論有一些問題:DNA的雙鏈如何能夠解旋和分開,“而不會繞成一團亂麻”?基因復制的精確機制是什么?遺傳物質如何能夠“在細胞內產生高度特定的影響”?代表特異性的堿基序列何時出現在了這種螺旋分子的內側? DNA結構發現之后的早期爭論主要集中在“解旋問題”上。1953年,沃森和克里克承認這個問題是相當“困難”的,但是1958年出現了支持他們提出的結構的理論,當時Matthew Meselson 和Franklin Stah證明了DNA復制的半保留特性:每一個在DNA復制階段形成的子DNA由來自原始的父DNA的一條鏈,和一條根據父DNA鏈合成的新鏈組成。父DNA鏈作為合成的模版。這就證實了沃森和克里克根據DNA結構做出的理論預測,即DNA的復制采用一種半保留方式。這一年的晚些時候,Arthur Kornberg宣布他部分提純了一種催化DNA合成的酶,后來稱之為DNA聚合酶。這一發現第一次把酶化學和雙螺旋聯系在了一起,在那以后的不長時間,Kornberg就提供了生物化學的證據證明DNA聚合酶從DNA分子雙鏈的相反方向合成新鏈。
1957年,克里克把生物學意義的“信息”定義為核酸中堿基的排列順序以及蛋白質種氨基酸的排列順序,并且根據核酸和蛋白質之間單向的信息流動——從前者到后者——提出今天著名的“中心法則”。僅僅4年之后,Marshall Nirenberg 和Heinrich Matthaei使用只含有一種堿基(尿嘧啶)的RNA,成功的合成了只含一種氨基酸(苯丙氨酸)的多肽。他們斷定,“一個或者多個RNA堿基應該是苯丙氨酸的代碼。”與此同時,克里克, Sydney Brenner和Leslie Barnett已經開始使用遺傳分析研究突變現象。遺傳分析讓他們得到了關于一種突變形式的重要概念,在這種突變中,DNA的堿基序列產生了“移碼”(frame shift,今天人們已經知道,三個堿基決定一個氨基酸,如果插入1個或多個堿基,就會導致后面的序列對應的氨基酸產生混亂——譯注)。他們進而根據這種突變推斷,遺傳信息是由一組或者多組三聯堿基組成的,并且總是從一個固定點開始讀信息,處理信息的方向是相同的。這為后來解開整個遺傳密碼提供了舞臺。
從1953年對雙螺旋寂靜的接納,到50年代末雙螺旋研究勢頭的加速發展,人們傾向于認為,直到DNA的雙螺旋結構在蛋白質合成中發揮作用的機制開始成形的時候,它才被人們認真地對待。確實有一小群科學家從一開始的時候就把自己的研究方向放在了雙螺旋結構的推論上(例如Meselson 和Alexander Rich),或者把研究方向重新調整到這方面(包括Seymour Benzer 和 Sydney Brenner)。然而,許多科學家特別是Erwin Chargaff和Alexander Dounce,在他們50年代中期的科學論文中并沒有提到雙螺旋結構,盡管這與他們的研究是相關的,并且他們很可能知道雙螺旋。對雙螺旋的這樣一種忽視表明一些生化學家有他們自己的日程表,雙螺旋起先被認為對他們的工作沒有幫助。
生化學家辯論蛋白質的合成
生化學家對雙螺旋的保留態度部分來源于支持1953年論文的證據不那么堅實。沃森和克里克他們自己承認雙螺旋結構當時“可能沒有被人們認為已經證明了”,盡管它“非常有可能是正確的”。生化學家的冷靜部分要歸結于他們對蛋白質合成機制的爭論。Peter Campbell和Thomas Work在1953年6月6日《自然》雜志上發表的論文生動地描繪了這一爭論。他們確定了兩個對比鮮明的關于蛋白質如何合成的理論:第一,縮氨酸理論(也稱作多酶理論),即蛋白質“通過許多小的縮氨酸單元逐步結合而成”。第二,模版理論,認為蛋白質“按照模版合成,每一個模版對應一種蛋白質結構,并且模版或許可以看作一個基因。” 長期以來包括Jpseph Fruton在內的很多著名的生化學家支持縮氨酸模型。在這種理論背后的是相信酶具有合成和分解它們的底物的能力的信念。蛋白質的合成被認為涉及到一系列縮氨酸的聯合,最終形成了蛋白質分子,酶僅僅合成這些能水解的縮氨酸鍵。但是這個理論存在的問題是,除了一些非常特殊的例子,所謂的縮氨酸合成蛋白質的中間產物既沒有在細胞中找到,也不能組合到蛋白質中。然而,氨基酸能夠被組合到蛋白質中,這意味著它們可能是蛋白質的基本單元。
蛋白質合成的第二個模型認為合成是依照一個模版進行的,它由Dounce于1952年提出。Dounce認為多肽鏈躺在RNA分子上,RNA序列確定氨基酸的順序(按照一對一的原則)。這樣,細胞核中的DNA就能夠控制RNA的堿基順序。
權衡了Dounce理論的優點和困難之后,Cambell和Work于1953年表達了他們對于遺傳控制蛋白質合成的不贊成:“基因本質上是一種抽象的觀念,并且試圖給這個觀念穿上一件核酸或者蛋白質的外衣或許是一種錯誤……如果我們必須引入基因,它在蛋白質合成中應該發揮消極的而不是積極的作用。”然而僅僅3年之后,Robert Sinsheimer在加州理工學院的一次演講中說道:“基因曾經是一個形式上的概念,現在開始具體化,開始出現對它的形式、結構以及活動的猜測。”
但是這三年是變化的時期。1957年1月,Fruton修訂了被廣泛采用的《普通生物化學》教科書,他對縮氨酸理論的評論是謹慎的,并且伴隨著對RNA角色的討論。他寫道,“有一種激動人心的推測,即核酸在蛋白質合成過程中起著‘模版’的作用。”早些時候他在這本書里用了一段文字描寫雙螺旋,把它描繪成一個“有獨創性的推測”。唯一的插圖是腺嘌呤—鳥嘌呤的堿基對,而不是雙螺旋結構模型。 Kornberg在1957年證明DNA的復制遵循堿基配對原則,借助于DNA聚合酶把一個堿基加到新合成的鏈上,這條鏈與它的模版鏈的堿基互補(A總是對應T,C總是對應G)。但是他在這個領域的興趣并沒有被沃森和克里克的發現所激勵。相比之下,1953年他全神貫注于輔酶(酶活動所必需的非蛋白質化合物)是如何根據核酸合成的。這讓他考慮一個問題,即DNA和RNA是如何用成千上萬的核苷構成的。“雙螺旋的重要性,”他回憶說,“并沒有強加到”他的工作中,直到1956年他證明了后來稱之為DNA聚合酶的“適度純化的片斷”“看上去增加了DNA鏈的長度。”
結論
兩個一度如同謎一般的過程——DNA復制和蛋白質合成——把20世紀50年代早期的進行的研究計劃分割成了物理的、有機化學的和生物化學的部分。在雙螺旋發現之后,這些試圖解決復制問題的人們才根據DNA的結構找到了DNA復制的分子依據,盡管人們花了20多年時間才弄清了它在細胞中運作的復雜機制。那些關于蛋白質合成的研究發現蛋白質的特異性來源于DNA堿基序列。
但是為什么慶祝DNA結構的發現呢?為什么不慶祝Max Perutz在1953年解決了蛋白質“相位問題”50周年呢?如果沒有這個發現,后來就不可能發現肌紅蛋白和血紅蛋白結構。2005年慶祝一下Sanger發現蛋白質的氨基酸順序50周年如何?毫無疑問,雙螺旋有著非凡的象征價值,沒有任何蛋白質結構能夠超過它。DNA結構的發現方式和相關的人物在某種程度上的壞名聲為這個故事增添了情趣。這個故事在詹姆斯·沃森1968年出版的《雙螺旋》里被廣為宣揚,Brenda Maddox近來撰寫的羅沙琳德·富蘭克林的傳記也具有啟發性。但是DNA的中心地位類似于遺傳在普通生物學的中心地位。
英國女王登基的25周年紀念已經過去了,50周年紀念即將到來,英國不再建造核電站,一批又一批登山家登上了珠穆朗瑪峰,然而沒有記者的關注。但是DNA仍然是新聞熱點——無論作為研究進化的工具,還是鑒定強奸案的法律證據,遺傳信息的來源或者設計新藥的途徑。50年前,那份原始論文中的雙螺旋簡樸而優雅的肖像誕生于弗朗西斯的妻子Odile Crick的筆下,作為分子生物學的象征或者吉祥物,難道還有什么東西能勝過它嗎?
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