什么是海洋生態系統?要了解這個問題，首先得知道什么是生態系統?生態系統是一架活機器，有結構，有功能，它是指在一定的空間內，所有的生物和非生物成分構成了一個互相作用的綜合體，這是一個動態的系統。在這個動態系統中有物質的循環，有能量流動，猶如一架不需要人操縱的自動機器，自然而然的運轉。對于海洋生態系統來說，生物群落如相互聯系的動物植物、微生物等是其中的生物成分，而非生物成分即是海洋環境：陽光、空氣、海水、無機鹽等……這個海洋環境又可劃分為大小不一的范圍，小至一個潮塘，一塊巖礁，一叢海草;大到一個海灣，甚至整個海洋。

這些生態系統機器雖然大小不一，但都有相似的結構和功能，即有物質的循環，有能量的流動。舉一個在海洋中最普通的一個例子：大魚吃小魚，小魚吃蝦，蝦吞海瘙，瘙食海藻，海藻從海水中或海底中吸收陽光及無機鹽等進行光合作用，制造有機物質，維持著這個弱肉強食的食物鏈。

但海洋環境中的無機物質又來自何方?這就靠那令人生厭的“分解者“微生物將大魚、小魚、蝦、瘙及藻的遺體分解掉，回歸到周圍環境中去。從哪里來到哪里去，這就是生態系統物質循環的一般規律。在這個生態系統中，包括四個成員：無生命的海洋環境(物質和能量)，生產者就是海藻等植物;消費者：不管是大魚、小魚、蝦還是海瘙，它們都不能自己制造有機物質，而只能靠捕食為生;再就是分解者了，主要是微生物，它們是辛勤的”清道夫“，如果沒有它們，海洋恐怕用不了多長時間會被動植物的排匯物或遺體填滿了，在這個物質循環鏈中，缺少哪個環節都不行，機器就不會運轉，它們相互依存，相互制約，相克相生。真是“一榮俱榮，一損俱損”。現在日益嚴重的海洋污染已嚴重威脅到海洋生態系統的平衡，赤潮的頻繁發生，“死海”的不斷出現就是鐵證如山。

物質可能循環，而能量卻不能循環。它只能從一個環節流向另一個環節，而且只能是單向的，沒有回頭路。在上一環節與下一環節之間，將有大量的能量以熱能形式等散失掉，只有約10%的能量從上一級傳到下一級。在海洋生態系統中，這個10%可以升高至22-25%，但能量的遞減是不可避免的，這可用“生態金字塔”來形容。塔基是廣大的勞動群眾——生產者，海藻，它從海水中吸收太陽輻射能，將之轉化為這個生態系統的能量基礎，所以說海洋浮游植物是整個海洋生態系統的基礎，事實上陸地生態系統也是如此，但最終驅動整個生物圈生態系統“活機器”運轉的動力卻來自太陽輻射能，塔基以上都是不勞而獲的掠奪者，但它們之間卻充滿了弱肉強食的戰爭，位于塔尖的往往是數量極少，形單影只的最高統治者，例如一條大魚：鯊魚。

海洋生態系統的物質循環和能量流動都是一個動態的過程，在無外界干擾的情況下，就會達到一個動態平衡狀態。因此，過渡的開采與捕撈海洋生物，就會導致一個環節生物量的減少，這也必然導致下一個相連環節生物數量的減少。如此環環相扣的食物鏈上，一個環節的破壞，就會導致整個食物鏈乃至整個海洋生態系統平衡的破壞，反過來，就會影響捕撈產量，近年來由于魚蝦等水產品的過渡捕撈，破壞力超過了生物的繁殖力，使魚蝦等難以大量生存繁殖。這就是今年南海休漁的原因之一。海洋污染是海洋生態系統平衡失調的一大“罪魁”。海洋污染時，首先受到危害的就是海洋動植物，而最終受損的還是人類自身利益。