生態區保護策略是上個世紀九十年代后期出現的一種保護理論，英文是Ecoregion-based Conservation，直譯成中文是以生態區為單位的保護，或基于生態區的保護。它是在90年代中期由美國野生生物基金會的保護科學項目(Conservation Science Program)提出的。

自從生態區保護策略問世以來，立即引起了廣泛的注意和爭論，在基金會內部和國際保護界產生了相當大的影響，其本身也在實踐和爭論中不斷發展完善。1998年1月，世界野生生物美國基金會在華盛頓召開了一個生態區保護策略研討會，參加會議的120位資深工作人員代表了基金會幾乎所有的項目辦公室、世界自然基金會總部、美國基金會和數個其它國家的辦事處。研討會對生態區保護策略進行了深入的討論，確定了生態區保護策略的基本框架和工作原則，對在全球實行實施執行生態區保護策略達成共識。換句話說，世界自然基金會正式接受了生態區保護策略，決定把它作為今后的工作方向。

生態區保護策略的主要特征，就是在更大的空間和時間尺度上進行保護。通過過去幾十年的保護實踐，人們逐漸認識到過去的工作規模太小，不能適應生物多樣性保護的要求，生態區保護策略應運而生。它是人們在解決生物多樣性保護所需最佳規模的問題上，在觀念、規劃和行動方面的進步。全球200佳使世界的注意力集中到了這些蘊藏著異常豐富的生物多樣性資源的生態區，生態區保護策略則為我們提供了保護這項資源的手段。

生態區保護戰略使得世界自然基金會，在繼續關注局部生物多樣性問題和社會經濟因素的同時，采取規模更大更全面的生物多樣性保護措施，來更好地處理造成生物多樣性喪失的表面問題和根本問題，在合適的層次上制定恰當的政策和管理措施，如國際貿易政策、保護區管理或者社區發展項目等等。而且，它還可以使世界自然基金會把地區水平上的工作，與需要在國家和國際水平上進行的工作結合起來，把野外工作與政策更好地結合起來，并在這些工作中建立起新的伙伴關系。從目前生態區保護策略的發展趨勢看，它成為自然保護的主流已成定局，剩下的只是時間問題。世界自然基金會已經把生態區保護策略與瀕危物種、森林、濕地并列起來，作為今后的中心工作。今后的工作，都將圍繞著生態區展開。

在美國自然基金會的資助下，世界自然基金會北京辦事處是從1998年開始在長江上游森林生態區(原名西南溫帶森林生態區)開展生態區保護策略工作的。第一步工作是聘請國家林業局經濟發展研究中心對生態區的生物資源和社會經濟方面的基本資料進行了踏查，1998年5月提交了踏查報告。接著又聘請顧芳(音譯)小姐對踏查報告進行了修改。以后工作停滯了一段時間，直到1999年11月聘任了生態區協調員后，工作才繼續開展起來。已經進行的工作內容有：大力在國內介紹生保策略的知識;劃定生態區和各亞區的邊界;選擇各亞區的核心物種、突出生物特征和優先地區;成立專家工作組;收集有關生態區、各亞區、核心物種和優先地區的資料;繪制生態區地圖;數據分析等。今后將在進一步收集分析資料和數據的基礎上，籌備召開生物評估研討會，在生態區制定生物多樣性展望。