1986年2月28日 (農歷正月二十)，國務院成立國家自然科學基金委員會。
20世紀80年代初，為推動我國科技體制改革，變革科研經費撥款方式，中國科學院89位院士（學部委員）致函黨中央、國務院，建議設立面向全國的自然科學基金，得到黨中央、國務院的首肯。隨后，在小平同志的親切關懷下，國務院于1986年2月14日批準成立國家自然科學基金委員會（簡稱“自然科學基金委”）。
1986年2月28日國家自然科學基金委員會成立。國家科學基金會設委員二十五名，由科學家、管理專家擔任，實行任期制。
該基金面向全國，科技工作者均可按規定申請。