分級結算是指證券登記結算機構與證券公司等結算參與人進行資金和證券的法人結算(又稱一級結算)；證券公司再與投資者進行二級結算。分級結算下的法律關系體現為“兩段式法律結構”，即在證券交易的結算環節，證券登記結算機構與證券公司之間，證券公司與投資者之間存在直接的法律關系；證券登記結算機構與投資者之間不存在法律關系。
目前我國證券市場實踐中，一直堅持分級結算的原則。證券法第 112 條明確規定，證券公司根據成交結果承擔相應的清算交收責任；證券登記結算機構根據成交結果，按照清算交收規則，與證券公司進行證券和資金的清算交收。在資金結算方面，證券登記結算機構與證券公司等結算參與人進行資金對結算，結算參與人再與投資者進行資金結算，證券登記結算機構與投資者不發生法律關系。
現代證券交易的結算一般實行分級結算制度，即證券登記結算機構與證券公司等結算參與人進行資金和證券的法人結算(又稱一級結算)；證券公司再與其客戶即投資者進行二級結算。分級結算下的法律關系體現為“兩段式法律結構”，即在證券交易的結算環節，證券登記結算機構與證券公司之間、及證券公司與投資者之間存在直接的法律關系；證券登記結算機構與投資者之間不存在法律關系。
現代證券市場參與證券買賣的投資者數量很多，每天成交筆數和金額都很大。如果不實行分級結算制度，證券登記結算機構將直接面對成千上萬個投資者進行交收，效率低，成本高，風險大，不能滿足現代證券市場飛速發展的需要。因此，現代證券交易一般實行“分級結算”制度。這是實現證券結算效率和安全目標的必然選擇，也是國際證券市場較為通行的做法。
在證券交易分級結算制度下，證券登記結算機構面對的交收對手方數量大大減少了，只需負責與結算參與人進行一級結算，由各結算參與人負責與其客戶進行二級結算。分級結算提高了結算效率，也有利于結算機構控制交收違約的風險。同時，在分級結算制度的基礎上，證券登記結算機構得以組織以結算參與人為單位的多邊凈額結算，從而簡化了結算參與人的交收過程，減少了參與人資金和證券實際交收的數量，大大提高了結算效率；也減少了結算參與人在結算系統內占用的資金量，提高了資金的使用效率。
在分級結算制度下，只有獲得證券登記結算機構結算參與人資格的證券經營機構才能直接進入登記結算系統參與結算業務。一般投資者不能直接進入登記結算系統，只能通過結算參與人辦理有關證券結算業務。通過對結算參與人實行準入制度，制訂風險控制和財務指標等要求，證券登記結算機構可以更為有地效控制結算風險，維護結算系統安全。
證券交易的分級結算是按證券登記結算機構與結算參與人之間進行一級結算，結算參與人與投資者之間進行二級結算這兩個層次展開的。
在多邊凈額結算下，證券登記結算機構是一級結算的組織者，其介入證券交易雙方的交易關系中，成為“所有買方的賣方”和“所有賣方的買方”，即共同對手方(Central Counter Party, 簡稱CCP)。在證券交易清算時，證券登記結算機構以結算參與人為單位對其達成的所有交易的應收應付證券和資金進行軋差，每個結算參與人根據軋差所得凈額與證券登記結算機構進行交收。證券登記結算機構需要為結算參與人開立證券和資金結算賬戶，以辦理相關證券和資金交收。
在證券交收方面，證券登記結算機構根據清算結果，記增或記減結算參與人證券賬戶應收或應付證券凈額。在資金交收方面，則普遍采用結算銀行(商業銀行或中央銀行)代為扣款方式完成。
在國際證券市場上，基本上都是按照上述做法進行證券交易的一級結算。例如在美國，全美證券存管清算公司(DTCC)負責以結算參與人為單位進行證券交易清算交收的組織工作，通過記增記減結算參與人的證券賬戶進行證券一級結算，通過貸記借記結算參與人在結算銀行開立的資金賬戶進行資金一級結算。
從證券登記結算機構獲得一級清算結果后，結算參與人根據其客戶證券交易的成交名細，清算出每個客戶的應收應付證券數額和資金金額，并據此與客戶進行證券和資金的二級交收。在資金交收方面，通常由結算參與人直接在投資者的資金賬戶中貸記或借記應收或應付的資金金額。在證券交收方面，根據證券賬戶和證券持有體制不同，存在兩種實現模式：一種是結算參與人直接對投資人證券賬戶進行劃入或劃出應收或應付證券數額的操作。通常在這種情況下，投資者證券賬戶持有余額記錄由結算參與人維護，證券登記結算機構不維護投資者持有明細。例如美國和香港地區證券市場就是采用這種模式。另一種是結算參與人就其與投資者之間的證券劃撥事宜委托給證券登記結算機構辦理，由證券登記結算機構代為維護投資者證券賬戶持有余額記錄。例如臺灣地區證券市場就是采用該模式，并將其歸納為“兩段式法律架構，一段式計算機作業處理”。也就是說，在法律關系上，二級結算是參與人與客戶完成證券交收；但在技術實現手段上，參與人與客戶之間的證券交收是委托結算機構代為完成的。
目前我國證券市場實踐中，一直堅持分級結算的原則。在資金結算方面，證券登記結算機構與證券公司等結算參與人進行資金結算，結算參與人再與其客戶即投資者進行資金結算，證券登記結算機構與投資者不發生法律關系，二段式法律關系比較清晰。但是，在證券結算方面，中國證券登記結算公司（以下簡稱“中國結算”）直接維護投資者的證券賬戶余額，證券交收由中國結算通過在投資者證券賬戶之間直接劃撥完成。這種技術安排使得登記結算機構、證券公司和投資者之間的法律關系不夠清晰，造成了證券登記結算機構資金和證券交收對手不對稱的模糊觀念，實踐中也容易引起不必要的法律糾紛，必須在制度和操作層面加以改革和完善。
