菌群失調，是指由于某種原因（如濫用抗生素），正常菌群中各種微生物的種類和數量可發生較大的變化。菌群失調（dysbacteriosis）是指機體某部位正常菌群中各菌種間的比例發生較大幅度變化而超出正常范圍的狀態，由此產生的病癥，稱為菌群失調癥或菌群交替癥（microbial selection and substitution）。
菌群失調
概述
菌群失調時，多引起二重感染或重疊感染(superinfection)，即在原發感染的治療中，發生了另一種新致病菌的感染。菌群失調的發生多見于使用抗生素和慢性消耗性疾病等。臨床上長期大量應用廣譜抗生素后，大多數敏感菌和正常菌群被抑制或殺滅，但耐藥菌則獲得生存優勢而大量繁殖致病，如耐藥金黃色葡萄球菌引起腹瀉、敗血癥，對抗生素不敏感的白假絲酵母菌引起鵝口瘡、陰道炎、腸道和肛門感染。
藥物調節
調整菌群平衡最直接的方法就是補充有益菌，在日常飲食中多食用一些含乳酸菌的酸奶、奶酪等。如果口腔潰瘍、腹瀉、便秘等病癥嚴重，單靠食用酸奶和奶酪不能改善，可以在醫生的指導下，服用可以補充雙歧桿菌、乳桿菌和乳酸菌的藥物。目前治療菌群失調的藥物主要是金雙歧，其功效作用是有效治療各種腹瀉、慢性腹瀉、便秘;有效防治因使用抗生素等多種原因引起的腸道菌群紊亂;有效防治抗生素濫用引起的二重感染;有效減輕因使用抗生素引起的多種不良反應;對腸應激綜合征、炎癥性腸病、幽門螺桿菌感染、結腸癌、肝硬化等均有肯定療效;作用機理是快速補充腸道有益菌，并在腸黏膜上形成一層“膜菌群”增強體內屏障功能;抑制腸道有害菌的生長,阻止致病菌的侵入及繁殖， 調整腸道菌群;發酵糖類, 產生醋酸及乳酸， 促進腸蠕動;合成多種維生素和生物酶激活機體吞噬細胞的吞噬活性, 提高免疫能力; 減少內毒素的來源。
物理調節
腸道水療
腸道水療俗稱“洗腸”，是一種能徹底清洗腸道，排除體內毒素，改善便秘，糾正腹瀉，調節腸道菌群失調，預防腸癌，并有美容，美膚，減肥，調節內分泌失調等作用的新型保健方法，被譽為21世紀最熱門的物理性內調保健自然療法。
